В толковых словарях русского языка слово «непонятно» имеет несколько значений. Вот основные:
НЕПОНЯ́ТНО.
1. Нареч. к непонятный. После того как Андрей начал бывать у них, налаженный ход ее жизни как-то непонятно нарушился. Гранин, Искатели.
2. безл. в знач. сказ. Об отсутствии ясности в чем-л., о невозможности для кого-л. понять, уяснить что-л. Непонятно, что он хотел сказать. Мне непонятно, как это случилось. □ Непонятно было, почему оратор называл покойника Прокофием Осиповичем, в то время когда того звали Кириллом Ивановичем. Чехов, Оратор.
непонятно
I нареч. обстоят. качества
Так, что трудно или невозможно понять, осмыслить.
II предик.
Оценочная характеристика ситуации, чьих-либо действий как вызывающих недоумение, являющихся загадочными, странными, необъяснимыми, недоступными для понимания.
1. наречие к прилагательному непонятный; так, что невозможно или трудно понять; неясно, недоступно пониманию ◆ Говорят, что кажется страшным только то, что непонятно. А. П. Чехов, «Скучная история», 1889 г.
2. предик. оценочная характеристика ситуации, чьих-либо действий как вызывающих недоумение, являющихся загадочными, странными, необъяснимыми, недоступными для понимания ◆ Нам непонятно, из-за чего нас так испугался здешний народ. Г. П. Данилевский, «Сожжённая Москва», 1885 г. (цитата из НКРЯ)