В толковых словарях русского языка слово «шифровать» имеет несколько значений. Вот основные:
ШИФРОВА́ТЬ, -ру́ю, -ру́ешь; прич. страд. прош. шифро́ванный, -ван, -а, -о; несов., перех. (сов. зашифровать). Писать шифром (в 1 знач.). Приходилось работать за двоих — самому шифровать и самому передавать в Москву донесения. Катаев, Катакомбы. Бауман знал не только, что письмо получено, но что шифровано оно шифром Абсолюта. Мстиславский, Грач — птица весенняя.
шифровать несов. перех. и неперех.
Писать шифром шифр I 1., знаками шифра.
ШИФРОВАТЬ, рую, руешь; ованный; несов., что. Писать шифром (во 2 знач.). Ш. секретную телеграмму.
| сов. зашифровать, рую, руешь; ованный.
| сущ. шифровка, и, ж.
| прил. шифровальный, ая, ое.
ШИФРОВ’АТЬ, шифрую, шифруешь, ·несовер., что. Писать шифром, знаками шифра (см. шифр во 2 ·знач. ). Шифровать донесение. Шифровать телеграмму.
1. писать шифром, знаками шифра; кодировать ◆ Шифровать всю переписку не было возможности, да и на шифр мы не очень полагались. Л. Д. Троцкий, «Моя жизнь», 1929-1933 г. (цитата из НКРЯ)