В толковых словарях русского языка слово «протоколировать» имеет несколько значений. Вот основные:
ПРОТОКОЛИ́РОВАТЬ, -рую, -руешь; сов. и несов., перех. (несов. также запротоколировать). Составить (составлять) протокол (в 1, 2 и 3 знач.). Протоколировать заседание. Протоколировать медицинское вскрытие. Протоколировать нарушение общественного порядка.
протоколировать несов. и сов. перех.
Составлять, вести протокол 1., 2.; записывать в протокол.
ПРОТОКОЛИРОВАТЬ, рую, руешь; анный; сов. и несов., что (книжн.). Составить (влять) протокол (в 1, 2 и 3 знач.).
| сов. также запротоколировать, рую, руешь; анный.
ПРОТОКОЛ’ИРОВАТЬ, протоколирую, протоколируешь, ·совер. и ·несовер. (·совер. также запротоколировать), что.
1. Составить (составлять), вести протокол (·канц., офиц.).
2. перен. Описать (описывать) точно и схожо, подобно изложению протокола. Автор протоколировал события, ничем не оживляя изложения.
1. составлять, вести протокол; записывать в протокол. ◆ Кроме того, можно протоколировать информацию о сеансах доступа (IP-адрес и пр.) и запрещать кэширование веб-страниц. В. П. Пасько, «Энциклопедия ПК. Аппаратура. Программы. Интернет», 2004 г.